Az iPhone 5S kedd esti bejelentése után valószínűleg kevesek nagy meglepetésére azonnal fellángoltak az okostelefon beépített ujjlenyomat-olvasójával kapcsolatos viták, ugyanis a kritikusok megkérdőjelezték a megbízhatóságát, az eltárolt ujjlenyomatok biztonságát, plusz a PRISM korában élve már a kémkedésre való használhatóságának ötlete is csak kevesekből képes őszinte kacajt kiváltani.
Sejthetően az Apple sajtósai meg kívánják előzni a kedvezőtlen légkör kialakulását, így folyamatosan próbálják tisztázni a helyzetet. Állításuk szerint a Touch ID szenzor alapjában véve jól működik, ám például az ujj elvágása és izzadás problémát jelenthet, éppen ezért az ujjlenyomatos azonosítás beállításakor mindig kötelező megadni egy PIN kódot, alternatív módon ezzel is feloldható a képernyőzár.
A lenyomatok biztonságával kapcsolatban az Apple elmondta, hogy a biometrikus adatokat a telefon processzorában lévő specializált egység titkosítja, ráadásul nem a sima háttértáron, hanem a lapkakészlet erre kitalált részében kerülnek eltárolásra. Az adatok megszerzése és visszafejtése szinte lehetetlen feladat, a szenzoron kívül semminek sincs közvetlen hozzáférése tárolóhoz. Az eltárolt ujjlenyomatok semmilyen körülmények közt sem hagyják el a készüléket.
Végül megemlítendő, hogy a telefon bekapcsolása, továbbá 48 órányi inaktivitás után az operációs rendszer az ujjlenyomat mellett megköveteli a hozzá társított PIN megadását is, azaz ilyen esetekben kötelező kétlépcsős hitelesítést végrehajtani az iPhone 5S használatba vételéhez.