Egy újravizsgálás során az Egyesült Államok Szabadalmi és Védjegy-irodája (PTO) elutasított egy 7 éves Microsoft szabadalmazási kérelmet a FAT fájlrendszerrel kapcsolatban, miután egy kis New York-i csoport tagjai megtámadták azzal érvelve, hogy ez a technológia már le van fedve egyéb szabadalmak által. A Nyilvános Szabványok Alapítványa bejelentette, hogy fellebbezését elfogadta a PTO, és az 5.579.517-s szabadalmat érvénytelenítették. A Microsoft 1996 novemberében kapta meg a FAT szabadalmi jogait, de a fájlrendszer már a 70-es évek óta használatban van.
A FAT rendszert a számítógépek mellett a digitális kamerákban, és a cserélhető tárolóegységekben is megtaláljuk. Olyan cégek vásároltak FAT licencjogokat, mint például a Rockwell International, a Creative Technology és a Seiko Epson. A Microsoft szóvivője szerint a döntés ebben az időpontban nincsen hatással a cég jelenlegi licenc-programára. „A Microsoft fellebbezni fog, és úgy tartja: a PTO el fogja fogadni szabadalmi kérelmét. Az iroda nem visszavonta a szabadalmat, hanem csak megkérdőjelezte az igényt, és csupán annyit kér a Microsofttól, hogy további érvekkel támogassa alá kérvényét.” - nyilatkozta a cég szóvivője.
Míg a Microsoft a szabadalmi irodával küzd, egy kéthetes per során kedvező ítéletet kapott: az esküdtszék úgy találta, hogy a Microsoft Office „Smart Tags” (intelligens cimkék) funkciója nem sérti meg a 2001-ben a norvég Atle Hedloy-nak ítélt 6,323,853-s szabadalmat. Ez a funkció felismeri, ha valaki egy nevet ír be egy Word szövegszerkesztőbe. Amint a nevet azonosította, a felhasználó ráklikkelhet a Intelligens Cimke ikonra, és olyan opciók közül választhat, mint például az illető bejegyzése az Outlook címjegyzékébe, az e-mail küldése, vagy az illető címének kikeresése az Outlook adatbázisából. Hedloy 2002-ben indított pert a Microsoft ellen.
Szabadalmában a következő állt: "egy módszer, amely egy ablakon, vagy programon belül a számítógép képernyőjén elhelyezkedő, a funkciót kiváltó eszközre történő egyszeri kattintással, vagy egy program menüjében tett egyetlen választás által elindul a név, a cím, és/vagy egy személy, vagy céggel kapcsolatos információ kikeresése, míg a felhasználó szimultán dolgozik egy másik programban, mint például egy szövegszerkesztő."
