A Steam Deck eredeti megjelenésekor kizárólag a Valve által készített egyedi (Linux-alapú) operációs rendszer működött rajta, a hordozható gamer gép gyártója viszont azóta elkészült a szükséges BIOS-frissítésekkel ahhoz, hogy Windowst is telepíthessünk az alapvetően minden más PC-hez hasonlóan működő masinára.
Március elején először csak a Microsoft operációs rendszerének 10-es változatát tudtuk installálni, mivel akkor még nem készült el a Trusted Platform Module támogatása, a Windows 11 pedig a TPM 2.0 jelenlétét követeli a telepítéséhez.
Egy, a héten kiadott béta frissítésben viszont erre is képessé tette a Valve a Steam Decket az fTPM támogatásának beépítésével, így akár már a legfrissebb Windows is futhat a majdhogynem zsebre vágható PC-n. A Windows 10-es kompatibilitás néhány héttel ezelőtti megjelenésekor persze megtudtuk, hogy azok a játékok, amik a Linuxra épülő SteamOS-en is futnak, a Valve optimalizációs munkájának hiányában sokkal rosszabbul teljesítenek ugyanazon a hardveren Windows alatt.
Így csak akkor érheti meg a Microsoft operációs rendszerét telepíteni a Steam Deckre, ha egy olyan játékhoz, vagy funkcióhoz szeretnétek hozzáférni, ami sehogy sem elérhető a másik OS alatt. Ezeknek a köre pedig egyre szűkül (igaz, lesznek olyan játékok, amik soha nem fogják a SteamOS-t támogatni), például már az Xbox streamelhető címeit is elérhetjük itt. A Windows 11 telepítése egyelőre azért sem ajánlott, mert a Steam Deck BIOS-a nem képes rá, hogy egyszerre több operációs rendszert kezeljen. Így, ha ki szeretnénk próbálni a windowsos Deck-élményt, utána csak az operációs rendszer újbóli telepítésével válthatunk vissza a SteamOS-re.
A Deck legújabb béta szoftverfrissítése egyébként többek között javít a PC kompatibilitásán a töltők és SD-kártyák kapcsán, az akkumulátor üzemidején, csökkentve az energiafelvételt az üresjáratok és kevésbé megterhelő feladatok közben, illetve lehetőséget ad a játékbeli frame rate korlátainak teljes feloldására is.